Kelas Bernuansa Agama dirancang dengan pertimbangan serta harapan menjaga potensi peserta didik dalam kompetensi pengetahuan agama yang sudah diperoleh dijenjang pendidikan sebelumnya. Dengan kelebihan yang sudah dimiliki terutama dalam kemampuan membaca dan hafalan Al-Qur’an dan kompetensi lain diharapkan melalui program yang dikemas khusus dan tetap mengacu pada kurikulum Nasional dan kurikulum yayasan dengan harapan seluruh peserta didik memiliki kepribadian Islami sebagai pelopor lulusan SMP Islam PB Soedirman yang mengamalkan Iman, Ilmu dan Amal.